他是自亚当诞生的生命，是无法回归莉莉丝的。
从一开始他就被骗了，只是在被人当枪使。
单纯的渚薰，根本没想过人类的勾心斗角有多么可怕。
地面之上，本已沉眠的初号机，被EVA量产机架上了天空，祂的背部张开巨大的光翼，照亮了夜空和几乎变成废墟的第三东京市。
在初号机展现出这副形态后，朗努基斯之枪几乎是同一时刻，刺到了初号机的咽喉部位，枪把上还挂着Mark.06的右臂。
同一时间，Mark.06内部，也发生了巨大的变化。
渚薰失去了对Mark.06的掌控，这台EVA当中，有另一个存在。
“Lilin把你融入了进来吗？”渚薰立刻明白了。
是原本占据了三号机的使徒，它并没有被朗基努斯之枪刺死，Lilin用某种手段，让那个使徒以这种形态和Mark.06融合并在此时此刻苏醒过来。
使徒之间，互为敌人。
只有一个存在能回归亚当，剩余的都会被净化。
所以，第十三使徒，对渚薰发起了攻击。
渚薰失去了对Mark.06的掌控，但Mark.06依然拥有着增幅过后的AT力场。
这个AT力场仿佛结界一般，将渚薰封锁住。
Mark.06的S2机关在此刻爆炸了，其释放出的足以毁灭周边一切的能量，被限制在Mark.06的内部。
连爆炸的声音都没有，就像是一切收缩成了一个奇点。
渚薰和Mark.06一起，化作了虚无。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之枪终于回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他们的任务。”
“虽然有些冒险，但我们的愿望终于要实现了。”
“条件还不完备，但也只能如此，再拖下去，恐生变数。”
“让EVA量产机，归于其原貌。”
“带给我等人类福音的真貌。”
“透过平等的死和祈祷，人们将归其原貌。”
“这也是灵魂的安息。”Keel议长说：“那就开始仪式吧。”
“现在让中心之树复活，我等仆从，EVA量产机，就是为了此刻而诞生的。”
碇源堂带着绫波丽，来到了最终教条区。
他提前Mark.06一步来到了这里，为了防止他手上的亚当胚胎引起渚薰的注意，他一直蛰伏着，等待Mark.06按照计划湮灭才现身。
他趟过了橙色的生命之水，抬头看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的计划当中，是要用莉莉丝来举行最后的仪式的，所以才让与亚当融合的他回到NERV。
但是从现在的情况来看，SEELE的真实计划，是要以初号机为神的替身，他也只是SEELE计划中的一部分。
不过他早有预料，老人们可不是那么简单就能处理的对手。
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